Основными нарушениями, допускаемыми пользователями всех категорий при оформлении эВСД являются:
- внесение в эВСД данных не позволяющих идентифицировать продукцию (товары в ассортименте);
- дата оформления эВСД ранее даты производства партии подконтрольного товара;
- оформление эВСД на подконтрольный товар с отсутствием данных о его происхождении;
- оформление эВСД без указания необходимых лабораторных исследований животных и продукции животного происхождения;
- оформление эВСД без указания номера и вида транспортного средства, что не позволяет подтвердить перевозку подконтрольного товара тем транспортным средством, которое указано в оформляемом эВСД, соблюдение установленного режима перевозки и то, что транспортное средство подготовлено к перевозке;
- оформление эВСД без указания производителя продукции;
- отсутствие погашения эВСД в ФГИС «Меркурий» в течение 1 рабочего дня после доставки и приемки товарной партии продукции;
- оформление эВСД в отсутствие информации о последних сроках применения антибиотиков, гормональных, стимулирующих и других лекарственных препаратов при направлении животных для убоя на убойном пункте;
- оформление возвратных эВСД без указания причин возврата;
- некорректное указание способов хранения при транспортировке продукции;
- ошибки в фактических адресах предприятий отправителей и (или) получателей.
За вышеперечисленные нарушения Управлением Россельхознадзора выдано 30 предостережений о недопустимости нарушения обязательных требований. 
Работа мониторинговой группы Управления Россельхознадзора по Республике Башкортостан продолжается.